Departamento del Chocó:

• Parque Nacional Natural Los Katíos : Parque nacional natural creado en 1977 y declarado por la UNESCO, en 1944, patrimonio de la humanidad (parque binacional con el Parque Darién de Panamá).
• Parque Nacional Natural Utría.
• Parque Nacional Natural Tatamá.

Departamento del Cauca:

• Isla Gorgona y Gorgonilla.: Gorgona es una isla tupida de selva tropical. Su riqueza vegetal y las fajas coralinas que la circundan le han permitido ser catalogada como un laboratorio viviente.

Departamento de Nariño:

• Parque Nacional Natural Sanquianga
• Santuario de Flora y Fauna, Isla de La Corota